新上线的“健康码智能通行系统”采用刷身份证出入登记和核验健康码，同步实现人、证、码“三合一”查验，同时系统立即显示实时核验健康状况，个人行程轨迹等信息，全程只需2-5秒，即可快速通行进，大大减轻卡口人员拥堵的风险，特别是针对不会上网，不会使用智能手机，无智能手机的老年人及卡口工作人员，避免了填写纸质登记表的繁琐程序，减少了工作量，更降低了交叉感染的风险。
  面对着近百种不同的健康码，2020年12月10日，国家卫生健康委、国家医疗保障局、国家中医药管理局发布《关于深入推进“互联网+医疗健康”“五个一”服务行动的通知》称，决定在全行业深化“五个一”服务行动，其中包括：实现健康码“一码通行”。各地要依托全国一体化政务服务平台，落实健康码信息互认机制和规则，明确跨地区流动人员健康码信息在各地区可信可用，切实方便人员出行和跨省流动，实现防疫健康码统一政策、统一标准、全国互认、一码通行。

具有二代居民身份证的中国公民，只需要将身份证放置在健康码扫码盒刷卡区域上，就能自动完成调取健康码信息核验、语音播报等功能，每人员核验时间仅需0.5秒，极大低提升了通行效率。
该系统可以安装在社区、商场、医院、学校、公交等特定公共场所的出入口，筛查中高风险地区的人员，并且可以通过后台数据实时查询所有人员的健康码状态、行程信息、核酸记录（注行程码，核酸有问题人员，后台才显示），追溯人员流动轨迹，帮助疾控中心进行流调，在 短的时间阻断传播路径。
可搭配闸机，绿码开闸放行，无码或红黄码则会发出语音警告并自动关闭通道。“健康码”数据融合售票和检票系统，实现旅客网上或现场购票时，智能识别乘客“健康码”状态，对绿码旅客实现后台出票。旅客进站只需在闸机上刷身份证并扫脸，完成人、证、票、码“四合一”核验后，闸机自动放行，无需再打开手机出示“健康码”，整个过程仅2秒左右。大大提高了核验、通行速度，减少排队和拥堵，减少了旅客手机操作，极大地改善了出行体验。